基础知识

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第一个关键字指定要进行的 action，然后是对应的参数，可以是单个参数(eg. NOPBC 告诉plumed在计算cv时不使用周期性边界条件)或者参数后面接等号和内容(eg. ATOMS=1,2,3,4 告诉plumed在计算cv时使用1-4号原子)。

本文内容源自维基百科上对Metadynamics的介绍。 Metadynamics (MTD; also abbreviated as METAD or MetaD) is a computer simulation method in computational physics, chemistry and biology.

李继存老师在其博客上对小分子及非标准氨基酸等力场的构建、转换做了详细的描述，故将其内容搬运整理至此，以作备忘。

最近打算分析一下分子动力学模拟中，蛋白相互作用对不同力场的依赖性。收集资料时发现李继存老师在其博客上对力场的选择及小分子力场的构建、转换做了详细的描述，故将其内容搬运整理至此，以作备忘。 关于小分子力场的设定，会在后续文章中进行详细描述。

最近看了摆渡人，里面一些不错的句子，摘录如下：

今天是春节假期回来后第一天上班，新学期新起点，希望这学期能够集中精力做出点有用的东西。

本文列出了Github上若干个利用网页版微信接口的Python应用，以供查询。

将python源码 py 文件打包成可执行文件，需使用pyinstaller或py2exe，前者操作更为便捷，故选择前者。 以下为操作步骤:

Python2是大多数人接触到的第一个Python版本，伴随着Python3的逐渐成熟，很多优秀的包都转移到Python3的阵营。这就造成一种混乱的局面，可能需要在2.x和3.x之间切换。一种方法是通过PyCharm这样的工具来进行环境的配置，另一种就是暴力的直接安装了。 下面介绍暴力安装的方法：

　　最近看到Github上一个Python的repo有点意思，欲clone下来试一试，然而却发现是Python3.X版本，于是打算将其修改为Python2.7版本。 　　So，新的轮子又产生了。 　　下面记录在网上查找到的python2与python3的区别：