Matplotlib是Python的一个工具包，提供了丰富的绘图方案，主要用于绘制一些统计图形。现将网络上多个学习Matplotlib的总结搬运至此，留作备忘。

　　Numpy是Python的一个工具包，提供了丰富的科学计算接口。现将网络上多个学习Numpy数组的总结搬运至此，留作备忘。

在Notepad++默认的字体中，数字1和字母l显示极为相近，因而有必要换用其它字体。现将网上更改Notepad++主题和字体的内容搬运至此。

Linux shell中执行echo 1+1的输出结果是1+1, 而非2。如果想输出2, 可以使用如下方法:

gitbook既是一个工具, 同时还具有同名的网站。 在本地安装gitbook-cli即可将markdown文件汇集成电子书, 并输出为pdf, html, epub, mobi等格式。完成上述步骤之后, 即可将本地创建的电子书发布到同名网站gitbook上, 供他人阅览、交流。

使用autodock (vina) 对接之后，小分子只保留了极性氢(由对接软件猜测的)，而碳上面的氢原子并未保留。而进行MD又需要小分子上的所有氢原子，故需要将小分子上面的氢原子补全。

从李继存和sob老师的博客得知，TPPMKTOP是构建小分子OPLS-AA力场文件的一款不错的工具，但是其在线服务器并不太好用。同时在bitbucket上也有此工具的源码，于是便下载并在本地安装，现将编译过程遇到的问题记录如下:

模拟之前打算将小分子随机摆放在距离蛋白表面5Å的壳层上, 经人指点得知Packmol可以用来完成这个工作.从李继存老师的博客上整理了Packmol的基础知识, 故搬运至此, 以作备忘.

基础知识

输入文件格式

第一个关键字指定要进行的 action，然后是对应的参数，可以是单个参数(eg. NOPBC 告诉plumed在计算cv时不使用周期性边界条件)或者参数后面接等号和内容(eg. ATOMS=1,2,3,4 告诉plumed在计算cv时使用1-4号原子)。

本文内容源自维基百科上对Metadynamics的介绍。 Metadynamics (MTD; also abbreviated as METAD or MetaD) is a computer simulation method in computational physics, chemistry and biology.