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传统的分子动力学模拟时间尺度一般在数百纳秒，难以捕捉到动辄在微秒甚至毫秒尺度说方能观测到的生物过程。本教程便是通过在Amber中使用aMD来研究BPTI在微秒尺度上的构象转变，并与DE Shaw发表的毫秒尺度的常规动力学进行比较。

在分子动力学模拟中，精准的力场和高效的采样始终是研究的热点问题。aMD(accelerated molecular dynamics，加速分子动力学)便是由UCSD的McCammon group提出的一种增强采样的方案。

　　Bio3D是一款依托于R语言的工具包，能够分析生物大分子的序列，结构和模拟结果等数据。本文将记录Bio3D中"md"这个demo的运算流程。

　　常见的分子动力学模拟软件包括Amber，Gromacs，Namd，openMM等，不同软件运行之后产生的轨迹文件格式不尽相同，而某些分析模块则只能处理特定格式的轨迹文件，因而需要一款足够稳健的工具来转换不同的文件格式，比如mdconvert。现将其使用方法记录于下，以作备忘：

R是统计学中常用的分析和画图工具，Bio3D等轨迹处理软件需要预先安装R。然而在服务器集群上安装R-3.4.2时，会遇到软件缺失或版本过低等问题。故将科学网上的一篇博客里介绍的方法搬运至此，以作备忘。

　　进行分子模拟时，通常会使用Pymol，VMD等软件进行可视化。相较于VMD，Pymol更容易入门，同时在网上也能找到大量的Pymol教程。入门之后，我们必须学会Pymol的命令行操作，一方面提高了工作效率，另一方面也能够更加全面的利用到Pymol丰富、完善的功能。

在基于结构的药物设计中，一个重要步骤是预测蛋白的结合位点。PlayMolecule平台提供了一个在线工具DeepSite能够实现这一功能。

在进行分子模拟之前一般需要对蛋白的结构进行优化，包括确定质子化状态和优化氢键网络等。PlayMolecule平台的ProteinPrepare所提供的交互式和命令行工具（需下载离线版本）能够实现这一功能。

在分子动力学模拟之前，通常需要对蛋白的结构进行预处理，如补全残基等。使用斯坦福大学 Pande 课题组的小工具 PDBFixer 便能通过 GUI 或者命令行轻松解决这一问题。

surflex 2.7 包括surflex-dock 和 surflex-sim. The former combines a refined descendant of the Hammerhead scoring function coupled with the alignment/conformation optimization proce-dures implemented for morphological similarity. The latter addresses aspects of computational drug design in the absence of a protein structure.