Hope

为了格式化输出蛋白质PDB文件，从网上找到了PDB文件的格式说明，现copy并记录于此:

　　为了格式化输出蛋白质PDB文件，从网上查找了Python及C、awk的print(printf)格式化输出控制方式，转载整理如下：

蛋白-蛋白对接的服务器包括zdock，Hex，HADDOCK，SymmDock，FRODOCK，PatchDock，SwarmDock，pyDock，BIPSPI等。

在服务器上安装最新的Anaconda-2.5时提示"/anaconda/bin/python: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found (required by /anaconda/bin/python)"，表明新版本的Anaconda需要的Glibc版本>=2.7。

现在希望在机器A上免密码连接至机器B，可通过如下两种方式进行操作：

这是微信里2015年收藏的一篇文章，列出了中文小说阅读快感排行榜Top30。转载至此，以作备份。

使用Gromacs进行分子动力学模拟之后，有时我们需要从轨迹文件中提取两个group之间的静电和范德华相互作用，可以使用如下方法： 下面以计算128号残基和228号残基之间的相互作用为例，介绍本人曾尝试过的三种方法及遇到的问题。

今天编译软件的时候，遇到如下报错：

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/bin/ld: cannot find -lsqlite3
collect2: error: ld returned 1 exit status

通常，在aMD完成之后还需要对得到的反应坐标的分布进行reweighting，从而得到无偏的自由能估计。

传统的分子动力学模拟时间尺度一般在数百纳秒，难以捕捉到动辄在微秒甚至毫秒尺度说方能观测到的生物过程。本教程便是通过在Amber中使用aMD来研究BPTI在微秒尺度上的构象转变，并与DE Shaw发表的毫秒尺度的常规动力学进行比较。