使用Pymol修改分子结构

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　　进行分子模拟时，通常会使用Pymol，VMD等软件进行可视化。相较于VMD，Pymol更容易入门，同时在网上也能找到大量的Pymol教程。入门之后，我们必须学会Pymol的命令行操作，一方面提高了工作效率，另一方面也能够更加全面的利用到Pymol丰富、完善的功能。 　　Pymolwiki网站上有一节叫做"Modeling_and_Editing_Structures"，对Pymol的编辑功能进行了一些介绍，现记录于下：

保存实时坐标

Pymol中，若对分子进行旋转、移动之后，直接保存坐标，则默认保存的还是原始坐标（具体见get_view函数）。 如果需要保存实时坐标，只需将下列代码保存为 save_transformed.py，存放在合适的路径中，然后在终端中输入 run save_transformed.py来导入此脚本。 在需要保存实时坐标时输入'save_transformed.py object_name file_name'即可。 

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# Adds the command save_transformed
# Usage: save_transformed object, file
def save_transformed(object,file):
    m = cmd.get_view(0)
    ttt = [m[0], m[1], m[2], 0.0,
           m[3], m[4], m[5], 0.0,
           m[6], m[7], m[8], 0.0,
           0.0,   0.0,  0.0, 1.0]
    cmd.transform_object(object,ttt,transpose=1)
    cmd.save(file,object)

cmd.extend('save_transformed',save_transformed)
```  

# 对部分结构进行旋转，移动操作
```  
translate vector,object-name,state
   (vector needs to be something like [x,y,z])

   translate [1,0,0],pept

rotate axis,angle,object-name,state
   (axis can be either the letter x,y,z or a 3D vector [x,y,z])
   rotate x,90,pept
   rotate [1,1,1],10,pept
```  

# 相对移动 
相对移动是指将整体结构中的两个部分沿着不同的方向进行移动。
fetch 1FJ1

split PDB file

create anti=(chain F) create fab=(chain A,B)

delete original object

delete 1FJ1

color objects

color green,fab color pink,anti

color interface

select inter = (byres ((fab within 5 of anti)
or (anti within 5 of fab)))

color yellow,inter

splay apart

orient origin fab rotate y,60,fab origin anti rotate y,-60, anti

zoom interface region

zoom inter show sph,inter disable inter 

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# 将轨迹分割为多个独立的object
split_states object-name 
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# 指定二级结构
alter A/10:34/, ss='H' alter A/35:40/, ss='L' alter A/41:60/, ss='S' 
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# 修改范德华半径
alter (elem Fe),vdw=1.8 rebuild (The value for Fe is wrecked in PyMOL at the moment, so running the above line might be a good idea). 
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# 修改原子坐标
alter_state 1,(object-name),x=x-10.0 
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# 删除或添加共价键
unbond pk1,pk2 bond pk1,pk2 
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# D型，L型氨基酸的转换
先用"Ctrl+鼠标中键"选择中间的原子作为pk1，然后再选择两侧的原子作为pk2和pk3。然后使用"Ctrl+E"进行转换。

# 添加二硫键
bond 24/sg,26/sg # add a bond bond 56/sg,99/sg unpick

alter cys/,name='CYX' # change residue name cys to cyx # alter 24+26+56+99/,name='CYX' 

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# 对齐两个分子（第一个分子向第二个对齐）
# 需要两个分子的对应原子的顺序一致 pair_fit ( trna10 and resid 10:15 and name P ), ( ref4 and resid 10:15 and name P )

pair_fit prot1///11-26/CA, prot2///34-49/CA ```

Ref: - Editing_Structures