Hope

永远相信美好的事情终将发生

surflex 2.7 包括surflex-dock 和 surflex-sim. The former combines a refined descendant of the Hammerhead scoring function coupled with the alignment/conformation optimization proce-dures implemented for morphological similarity. The latter addresses aspects of computational drug design in the absence of a protein structure.

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  Matplotlib是Python的一个工具包,提供了丰富的绘图方案,主要用于绘制一些统计图形。现将网络上多个学习Matplotlib的总结搬运至此,留作备忘。

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  Numpy是Python的一个工具包,提供了丰富的科学计算接口。现将网络上多个学习Numpy数组的总结搬运至此,留作备忘。

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gitbook既是一个工具, 同时还具有同名的网站。 在本地安装gitbook-cli即可将markdown文件汇集成电子书, 并输出为pdf, html, epub, mobi等格式。完成上述步骤之后, 即可将本地创建的电子书发布到同名网站gitbook上, 供他人阅览、交流。

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从李继存和sob老师的博客得知,TPPMKTOP是构建小分子OPLS-AA力场文件的一款不错的工具,但是其在线服务器并不太好用。同时在bitbucket上也有此工具的源码,于是便下载并在本地安装,现将编译过程遇到的问题记录如下:

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模拟之前打算将小分子随机摆放在距离蛋白表面5Å的壳层上, 经人指点得知Packmol可以用来完成这个工作.从李继存老师的博客上整理了Packmol的基础知识, 故搬运至此, 以作备忘.

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