Hope

To verify that AMBER and NAMD give the same results

发表于 2016-10-06 分类于 namd

** 原文地址** 通过计算范德华和静电相互作用来进行比较amber和namd的计算结果。

发表于 2016-10-05 分类于工具

Useful Links

发表于 2016-10-04 分类于 vmd

** 原文地址** 首先，需要明确的是，VMD能用来生成很漂亮的图片！先通过此网站对 Tachyon 进行render做初步的了解。

发表于 2016-10-04 分类于 vmd

转自sobereva，原文地址

在较新版本的VMD里，可以使用ambient occlusion（AO,环境光遮蔽）来改进自带的Tachyon渲染器的渲染效果。这可以使体系在光线照射下呈现的阴暗区域柔和、自然地表现出来，丝毫不逊色于用povray渲染，甚至看着更舒服一些。

发表于 2016-10-03 分类于 gromacs

** 原文地址编译gmx-4.6.5编译不成功，4.5.7可以，5.*并未测试 ... :( **

GMX在其编译时可选择 link to VMD libraries,进而利用vmd读取轨迹文件，故不需再进行轨迹的格式转换。

发表于 2016-09-26 分类于工具

** 点击查看原文地址文中有少量示例无法在CTex中编译出来**

LATEX（英语发音：/ˈleɪtɛk/ LAY-tek或英语发音：/ˈlɑːtɛk/ LAH-tek，音译“拉泰赫”），是一种基于TEX的排版系统。

发表于 2016-09-26 分类于工具

** by Nan **

本教程面向对LaTeX完全无认知无基础的新人。

** LaTeX软件的安装和使用 **

发表于 2016-09-25 分类于当我没说

写完之后再检查一遍错别字(当然自己是找不到的)，发现写的挺压抑挺黑暗，哈哈

　　下午来实验室刷知乎刷了半天，计划晚上分析一下最近的计算结果。可是吃完晚饭再回来却没有任何学习的劲头。那就趁着现在为近期的科研工作做个小总结。

发表于 2016-09-25 分类于当我没说

本文内容来源于本人曾在有道云笔记收藏的学术中国微信公众号2015-11-07日内容

发表于 2016-09-22 分类于 Amber

本文内容摘抄或翻译自AMBER手册或教程，为本人学习AMBER时的笔记，如有侵权请联系删除。