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使用zdock进行蛋白-蛋白对接

蛋白-蛋白对接的服务器包括zdockHexHADDOCKSymmDockFRODOCKPatchDockSwarmDockpyDockBIPSPI等。
这里我们以zdock的离线版为例,简单介绍蛋白-蛋白对接的流程。
首先,zdock的离线版本可以在umassmed网站进行下载,目前最新版为 ZDOCK 3.0.2。

下载完成之后可通过如下命令进行对接:

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mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb
mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out
create.pl zdock.out

需要注意的是:

  1. 前两部是准备受体和配体,在对接中受体的位置不变,配体会进行平动和转动。
  2. 对接时需要将 uniCHARMM 文件复制到当前文件夹。

文件格式:

  1. mark_sur 产生的文件中,第56-57列中,如果对应的原子被blocked,则值为19;第63列,表示是否处于surface;第65-68列,表示原子半径;第78-82列表示原子电荷。
  2. zdock.out 文件中,从第6行开始,每一行表示一个配体位置,前3列表示配体相对于初始位置的旋转角度(弧度),中间3列表示平动,最后一列表示zdock score;对接结果按打分值降序排列。

Notes:

  1. zdock 还有一个版本ZDOCK-XL,来自于文献jmb2018,可以整合“Cross-Linking Experiments”实验数据,即指定受体和配体之间的距离,来进行对接。这是一个比较新的版本,可通过-x constraints.dat选项来指定特定原子之间的距离。

  2. 不同的protein-peptide对接软件的benchmark文章:侯廷军jctc2020


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