使用zdock进行蛋白-蛋白对接

蛋白-蛋白对接的服务器包括zdock，Hex，HADDOCK，SymmDock，FRODOCK，PatchDock，SwarmDock，pyDock，BIPSPI等。
这里我们以zdock的离线版为例，简单介绍蛋白-蛋白对接的流程。
首先，zdock的离线版本可以在umassmed网站进行下载，目前最新版为 ZDOCK 3.0.2。

下载完成之后可通过如下命令进行对接：

mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb
mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out
create.pl zdock.out

需要注意的是：

1. 前两部是准备受体和配体，在对接中受体的位置不变，配体会进行平动和转动。
2. 对接时需要将 uniCHARMM 文件复制到当前文件夹。

文件格式：

1. mark_sur 产生的文件中，第56-57列中，如果对应的原子被blocked，则值为19；第63列，表示是否处于surface；第65-68列，表示原子半径；第78-82列表示原子电荷。
2. zdock.out 文件中，从第6行开始，每一行表示一个配体位置，前3列表示配体相对于初始位置的旋转角度(弧度)，中间3列表示平动，最后一列表示zdock score；对接结果按打分值降序排列。

Notes:

1. zdock 还有一个版本ZDOCK-XL，来自于文献jmb2018，可以整合“Cross-Linking Experiments”实验数据，即指定受体和配体之间的距离，来进行对接。这是一个比较新的版本，可通过-x constraints.dat选项来指定特定原子之间的距离。

2. 不同的protein-peptide对接软件的benchmark文章：侯廷军jctc2020

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Ref:

• how_to_run_zdock
• zdock_output_file
• dockingsites