永远相信美好的事情终将发生

  在进行科研成果展示的时候,一部分图片可以由原始数据在 Python 中绘制;另一部分图片比如效果图等,没有原始数据,可以通过 PPT 或者 visio 来绘制。PPT 中曲线、箭头的调整比较繁琐,很难调整出满意的效果,最终的分辨率也不够高;而在 visio 中,这些调整就比较方便了。结合最近对 visio 的使用,现列出 visio 的一些入门技巧:

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  在复杂的反应或者构象变化中,通常需要大规模的构象采样,甚至是增强采样来加速分子动力学模拟。而这些复杂的构象变化过程往往难以通过单一的cv进行描述,比如激酶激活过程中activation loop的 open-close transiton (eg. CDK2 2c5x -> 2c5y) 。Plumed中的PATHMSD这个cv或许会有所帮助。

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  在进行分子对接或者MD之前,一般需要对分子的结构进行优化,可以使用高斯等进行量化计算(通常不需要大的基组),也可以使用力场进行简单优化。
  这里转载科学网上一篇使用 sybyl 进行小分子结构优化的博客:

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  GDT(Global distance test),可用来表示两个蛋白结构的相似程度,是蛋白质结构 refinement 领域常用的一个评价标准。

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  对于做计算模拟的同学来讲,通常需要将自己的理论计算结果同别人文献中的实验结果进行对比,而文献中的实验数据一般以图片的方式呈现。这时,我们就需要从这些图片中提取有用的数据点甚至整条曲线。
  这里提供若干种方法以供参考:

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  在一次计算中使用别人发布的由python编写然后编译打包的二进制程序进行操作时,总是报错”缺少链ID”,但检查pdb文件已经添加了链ID。
  为查明报错原因,对此二进制可执行文件进行了反编译。下面记录了操作过程:

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