SYBYL中优化小分子的构象

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　　在进行分子对接或者MD之前，一般需要对分子的结构进行优化，可以使用高斯等进行量化计算（通常不需要大的基组），也可以使用力场进行简单优化。 　　这里转载科学网上一篇使用 sybyl 进行小分子结构优化的博客：

背景：chemdraw画的2d分子（带有手型信息），通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展（原子和原子的距离太近），再配体准备之前，可以先优化下。 
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cat > minimize_energy.spl

for mol_name in %dir(*.mol2)
  mol2 mult_in m1 $mol_name
 
  MODIFY MOLECULE NAME M1 "$mol_name"

  CHARGE "M1" COMPUTE GAST_HUCK ^
  CHARGE "M1" COMPUTE GAST_HUCK |
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!MINIMIZATION_METHOD POWELL
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!TERMINATION_OPTION GRADIENT
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!MIN_ENERGY_CHANGE  0.050
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!RMS_GRADIENT  0.050
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!RMS_DISPLACEMENT  0.001
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!MAXIMUM_ITERATIONS 1000
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!FF_CHOICE TRIPOS
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!PARAMETER_SET Tripos
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!NON_BONDED_CUTOFF 8.000000
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!DIELECTRIC_CONSTANT 1.000000
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!DIELECTRIC_FUNCTION distance
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!REVIEW_HS_AND_LPS REVIEW
  SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!LIST_TERMS NO
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!ONE_FOUR_SCALING 1.000000
  SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!HBOND_RAD_SCALING 0.700000
  CHARGE M1 VALIDATE
  MAXIMIN2 M1 Electrostatics IGNORE_ELECTROSTATICS Interesting M1(*-(0)) \
  Boundary_Conditions IGNORE_PBCS List DONE INTERACTIVE

  mol2 mult_out m1 %CAT(mini/ $mol_name)
  ZAP M1

endfor

Source: - 科学网博客