使用 zdock 进行蛋白 - 蛋白对接

发表于 分类于

蛋白 - 蛋白对接的服务器包括 zdock，Hex，HADDOCK，SymmDock，FRODOCK，PatchDock，SwarmDock，pyDock，BIPSPI 等。 这里我们以 zdock 的离线版为例，简单介绍蛋白 - 蛋白对接的流程。 首先，zdock 的离线版本可以在 umassmed 网站进行下载，目前最新版为 ZDOCK 3.0.2。

下载完成之后可通过如下命令进行对接： 

1
2
3
4
mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb
mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out
create.pl zdock.out

需要注意的是： 1. 前两部是准备受体和配体，在对接中受体的位置不变，配体会进行平动和转动。 2. 对接时需要将 uniCHARMM 文件复制到当前文件夹。

文件格式： 1. mark_sur 产生的文件中，第 56-57 列中，如果对应的原子被 blocked，则值为 19；第 63 列，表示是否处于 surface；第 65-68 列，表示原子半径；第 78-82 列表示原子电荷。 2. zdock.out 文件中，从第 6 行开始，每一行表示一个配体位置，前 3 列表示配体相对于初始位置的旋转角度 (弧度)，中间 3 列表示平动，最后一列表示 zdock score；对接结果按打分值降序排列。

Notes: 1. zdock 还有一个版本 ZDOCK-XL，来自于文献 jmb2018，可以整合 “Cross-Linking Experiments” 实验数据，即指定受体和配体之间的距离，来进行对接。这是一个比较新的版本，可通过 -x constraints.dat 选项来指定特定原子之间的距离。

  1. 不同的 protein-peptide 对接软件的 benchmark 文章：侯廷军 jctc2020

Ref: - how_to_run_zdock - zdock_output_file - dockingsites