Cpptraj 计算蛋白的溶剂可及面积

发表于 2022-10-10 分类于 Amber

　　使用 cpptraj 计算溶剂可及面积 (SASA)，有两种个函数，分别是 molsurf 和 surf：

molsurf

1	molsurf sasa1 :1-100 out sasa.dat probe 1.4

　　此方法计算的是 absolute surface area(也就是指定区域的整体的表面积，即适用于计算整个蛋白的溶剂可及面积)，无法得到每天原子 (残基) 对于整体的贡献。

1	surf sasa1 :1-100 out sasa.dat solutemask :1-200 offset 1.4

　　以上命令使用 LCPO 方法计算残基 1-100 对于蛋白整体 (残基 1-200) 表面的贡献，单位为 $A^{2}$ 。