蛋白质表面静电势显示
常用的蛋白质可视化工具如PyMol、VMD、Chimera都可以显示蛋白的静电势。此处摘抄若干种方法。 # 基本流程 1. 准备pdb结构 2. 使用pdb2pqr产生pqr文件，可以使用单机版，也可以使用在线版本 3. 使用APBS计算静电势，可以使用单机版，也可以使用在线版本。 4. 使用PyMol、VMD、Chimera等进行可视化
PyMol
收费版本的PyMol使用APBS Electrostatics Plugin插件进行计算；开源版本的PyMol使用APBS Tools2.1插件进行计算。 开源版本中，APBS使用单机版，pdb2pqr使用在线版（需提前计算并下载pqr文件，当然也可以使用单机版pdb2pqr），剩余步骤按照APBS Tools2.1插件说明即可。 在PyMol中，还有一种方式为Action -> generate -> vaccum electrostatics可以计算“smoothed charge”，与静电势定性一致。详细描述可参考Protein contact potential。
Chimera
使用单机版APBS，计算之前先对蛋白添加氢原子和电荷，然后在Tool -> Surface/Binding Analysis -> APBS中指定APBS的位置（也可以使用在线版APBS，速度很慢），同时也要指定输出dx文件的位置。计算完成之后将蛋白显示为surface，并在APBS计算完成后弹出的Surface Color窗口中设置Color Surface为MSMS main surface of xx，再点击color按钮即可将静电势的颜色映射到surface上。color按钮右侧的options按钮可以对静电势着色进行更多设置，比如设置颜色的显示范围使静电势差异更加明显等。更详细的内容可参考计算生物大分子表面静电势_APBS工具。
VMD
使用在线版pdb2pqr得到pqr文件，然后使用Extensions -> Analysis -> APBS Electrostatics计算静电势，并在Graphics -> Representations进行显示。更详细的内容可以参考李继存老师的APBS教程。