Conda环境管理及Mamba

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在使用Anaconda或Miniconda时，可以方便地使用conda进行环境管理，针对不同的包设定特定的环境，避免所依赖模块之间的冲突。

首先安装Miniconda作为基础环境(base)，建议不要在此环境中安装其它额外的包。

后续操作如下： 

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# 创建环境
conda create -n envName python=3.9 biopython  
# -n envName 后面可以指定需要安装的包，以及版本，甚至是 python 的版本

conda create -n envName --clone envold   # 复制环境 

conda env list                 # 列出所有的环境 
conda env remove -n envName    # 删除某个环境 

source activate envName  # 切换到某个环境 
source deactivate

很多时候会发现conda安装包的速度非常慢，可以使用mamba替代conda，速度会快很多！

Notes:
1. mamba的安装有两种方式，第一种是直接在现有的base环境中通过conda install mamba安装；第二种是从github中下载与操作系统相对应的Mambaforge，Mambaforge本身会包含python base环境，相当于安装了Miniconda。
2. 后续使用时，只需将原本使用的conda命令替换为mamba命令即可，例如mamba install xxx，会发现速度提高了很多倍。
3. 其它有用的地方： 

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# 搜索xtensor所在的channel 
mamba repoquery search xtensor  # "xtensor>=0.18" 指定版本 

# 查询xtensor的直接依赖
mamba repoquery depends xtensor
mamba repoquery depends xtensor --recursive  # including dependencies of dependencies
mamba repoquery depends -t xtensor           # --tree 显示为依赖树的形式

# 查询哪些包依赖于xtensor
mamba repoquery whoneeds xtensor
mamba repoquery whoneeds -t xtensor    # --tree 显示为依赖树的形式

# 以上查询depends 和 whoneeds需要本地已安装被查询的包，或者通过 -c(--channel) 指定此包所在的channel