常用链接-03-Tools

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本文罗列了计算化学生物学领域一些工具。待续...

** VMD ** - User guide

** PyMOL ** - 中文教程

** 蛋白结构准备 ** - ProteinPrepare：质子化工具 - H++：质子化工具 - pdb2pqr：质子化工具 - PDBFixer：补全结构 - PROCHECK：检查蛋白结构

蛋白口袋 - DeepSite：结合位点预测 - CASTp：结合位点预测

小分子 - CORINA：基于SMILES产生3d结构

MD轨迹分析 - MDTraj - MDAnalysis - ProDy

杂 - REMD：估算REMD模拟温度

** 综合 ** - How to in ourphysics.org - Useful in ourphysics.org - Rizzo Lab - 计算工具vls3d - tau-RAMD